Centros de Educación Secundaria Obligatoria (E.S.O.)
La Educación Secundaria Obligatoria (E.S.O.), consta de cuatro cursos académicos y está dirigida al alumnado de entre 12 y 16 años. Esta etapa también es obligatoria, y se cursa en los centros de educación secundaria: Institutos de Educación Secundaria (IES), que también imparten bachillerato –y en algunos casos Formación Profesional–, o centros concertados autorizados.
Los alumnos que al terminar esta etapa hayan alcanzado los objetivos, obtendrán el título de Graduado en Educación Secundaria, que les permitirá seguir sus estudios o incorporarse a la vida laboral.
En secundaria, el alumnado de necesidades educativas especiales es atendido por el Departamento de Orientación de cada centro.
Centros que imparten Formación Profesional.
La Formación Profesional, se cursa en Institutos de Educación Secundaria (IES) o centros concertados autorizados, o en centros específicos de formación profesional. Sus niveles son:
* Formación Profesional Básica, está diseñada para para aquellos alumnos que no hayan conseguido obtener la titulación de Secundaria.
* Ciclos Formativos de Grado Medio (CFGM), a los que se accede con la Educación Secundaria Obligatoria terminada o mediante una prueba de acceso libre.
* Ciclos Formativos de Grado Superior (CFGS), a los que se accede con el título de Bachillerato o con la superación de la prueba de acceso libre.
Centros de Enseñanzas de Personas Adultas.
Son centros que atienden a la población que quiere completar y/o ampliar estudios de ESO y bachillerato. En Alcalá funcionan la Escuela Municipal de Adultos y la EPA Juan I.
Centros de Estudio de Régimen Especial.
Alcalá cuenta con dos centros de este tipo: el Conservatorio Profesional de Música y la Escuela Oficial de Idiomas.

IES Albéniz
Somos un centro en el que los alumnos pueden cursar Secundaria y Bachillerato. Somos un centro de escolarización preferente de alumnos con dificultades de movilidad, auditivos y Trastorno del Espectro Autista (Trastorno Generalizado del Aprendizaje). Estamos orgullosos de haber sido nombrados IES bilingüe de la Comunidad de Madrid recientemente. Nuestros alumnos reciben una atención muy personalizada porque no somos un centro masificado. Trabajamos por la igualdad, la equidad y la excelencia.

IES Arquitecto Pedro Gumiel

IES Atenea
Centro bilingüe de la Comunidad de Madrid, con gran interés, por su situación privilegiada en este sentido, en el entorno del Henares y la formación integral de nuestros alumnos en valores ecológicos y ambientales. Trayectoria destacada en proyectos de innovación y ha obtenido numerosos galardones como el Premio Giner de los Ríos, el Premio Nacional de Innovación Educativa y el Premio Blogs Educativos, Premio País de los Estudiantes, Premio Investiga a través del entorno e Innova, etc.

IES Complutense
Su apertura data de 1933. Es el instituto con más historia en Alcalá, y el primero en la provincia de Madrid fuera de la capital. En 2008 le concedieron la Medalla de Plata de la Comunidad de Madrid y la Medalla de Plata de la ciudad de Alcalá de Henares. La veteranía del centro permite una amplia experiencia y dotación de recursos en todos los departamentos. Más de 80 años nos avalan formando a las mejores generaciones de alcalaínos. La innovación se conjuga con la tradición de forma sabia en el IES Complutense.

IES Doctor Marañón
Comprometido con las familias para ofrecerles una educación personalizada e integral basada en una sólida formación académica y humana, para que cada uno de los alumnos alcance el máximo desarrollo de sus capacidades. Apostamos por las nuevas tecnologías y fomentamos la comunicación en varias lenguas extranjeras, utilizando el uso del inglés como lengua vehicular para impartir parte de las enseñanzas.

IES Francisca de Pedraza

IES Ignacio Ellacuría
Instituto creado en 1990 con la denominación inicial de Mixto VII. El Consejo Escolar en el curso 1993-94 acordó que el Instituto tuviese como nombre Ignacio Ellacuría. Apreciando los valores de la solidaridad y compromiso con la justicia, la paz y la cultura que encarnó el jesuita Ignacio Ellacuría, asesinado en El Salvador en 1989.

IES Isidra de Guzmán

IES Lázaro Carreter
Inició su andadura el curso 2003-04. La atención a alumnado y sus familias es muy directa y personalizada. Tenemos la suerte de contar con un auténtico crisol de culturas, con alumnos de distintas nacionalidades. Esto aporta gran riqueza al Centro. En el Lázaro perseguimos la educación integral de nuestros alumnos: entendemos que una buena formación académica debe ir acompañada de una buena formación en valores, y todo ello en un marco adecuado de convivencia. Todas nuestras actuaciones van encaminadas a mejorar ambas.

Escuela Municipal de Adultos
La Escuela Municipal de Adultos (EMA) desarrolla en nuestra ciudad 5 actuaciones. Su sede central es la EMA Portilla. Se ofrecen diferentes niveles educativos, desde alfabetización hasta Educación Secundaria y español para extranjeros. Además, existe la posibilidad de participar en talleres y seminarios de diversa índole, clases de idiomas, informática, excursiones y salidas culturales.

UFIL Empecinado
La Unidad de Formación e Inserción Laboral “El Empecinado” es un centro público que imparte Programas Profesionales en la modalidad general.
Estos programas tienen como finalidad el acceso al mundo laboral a los jóvenes que abandonaron el sistema educativo, se encuentren desescolarizados, en situación de marginación o riesgo de exclusión social y con dificultades para adaptarse al medio escolar o laboral.

Conservatorio de Música
El Conservatorio Profesional de Música de Alcalá de Henares es una Institución Educativa Profesional de Enseñanzas Artísticas Musicales, sostenida con fondos públicos.
Sus enseñanzas no son obligatorias.
Proporciona al alumnado una formación artística de calidad y garantizar la cualificación de los futuros profesionales de la música”.

Escuela Oficial de Idiomas
La EOI de Alcalá de Henares es un centro de enseñanzas de régimen especial de idiomas. En ella se imparten cinco idiomas: alemán, español para extranjeros, francés, inglés e italiano. Las modalidades de enseñanza son: oficial presencial, oficial en régimen libre (solo para la obtención de un certificado) o bien a distancia (solo en el idioma inglés).
